Modele de tus

En résumé, les mutations isolées par des procédures de dépistage (tableau (1)) identifient plusieurs résidus qui sont importants pour l`activité d`arrêt de fourche in vivo. La plupart confirment l`importance de résidus particuliers dans la liaison à l`ADN. Les effets du reste peuvent être expliqués en termes de perturber la structure de la protéine qui fournit l`échafaudage pour les résidus liant l`ADN. Les propriétés de la E49K et d`autres mutants L1 suggèrent fortement qu`il y a plus au processus d`arrestation de réplication que la simple liaison d`ADN, et il y a des preuves de la corrélation de la liaison de tus-DnaB et de l`arrestation de réplication pour un rôle pour la protéine-protéine interactions, du moins dans le cas spécifique du complexe tus-ter bloquant l`hélicase du DnaB. D`autre part, l`effet différentiel de certains résidus sur une liaison spécifique de tus-ter par opposition à une liaison non spécifique à l`ADN de tus suggère un modèle dynamique du complexe tus-ter qui peut également être utilisé pour expliquer une quantité importante de données autrement difficiles. Des mécanismes de serrage plus compliqués impliquent un processus par étapes concerté par lequel l`hélicase se déplace dans le site ter, supprimant tus. La forme la plus simple d`un modèle de dissociation progressif, un mécanisme en deux étapes, peut expliquer la polarité du complexe tus-ter (Fig. (Fig. 15).

15). Ici, les résidus de liaison sont divisés en deux classes, des résidus à l`extrémité permissive du complexe et des résidus à la face non permissive (blocage de fourche). Une hélicase arrivant du côté permissif peut concurrencer avec succès les résidus tus qui se lient à cette extrémité de l`ADN ter, provoquant un changement conformationnel dans les résidus de liaison de l`ADN restants qui éliminent soit les tus de l`ADN directement, soit permettent à l`hélicase pour continuer à rivaliser avec succès pour les sites de liaison restants. Lorsque l`hélicase approche de l`autre côté, la compétition entre l`hélicase et le tus est telle que tus ne peut pas être facilement enlevé. Le modèle le plus complexe de ce type décrirait les changements conformationnels et le changement dans l`énergie de liaison résultant de l`enlèvement de chaque résidu liant l`ADN lorsque l`hélicase progresse de l`une ou l`autre des faces: un modèle à fermeture éclair (131). Cela pourrait être une bonne analogie parce qu`une fermeture éclair est intrinsèquement polaire. (III) pour une protéine liant l`ADN monomérique comme tus, une simple pince thermodynamique ne peut pas tenir compte de la polarité de l`arrêt de la fourche de réplication. Un modèle de pince plausible doit comporter des détails cinétiques ou structuraux pour expliquer la polarité. La première structure cristalline d`une protéine terminatrice de réplication à déclarer était celle du dimère B.

subtilis RTP en 1995 (27). Ceci a été suivi rapidement par des modèles pour les structures du complexe du dimère de RTP et du tétramère avec des sites de ter de moitié et pleins, dérivés de la consolidation de la structure de la protéine libre avec une série étendue de données biochimiques (115, 125, 134, 135). La structure du complexe à demi-site, déterminée ultérieurement par une combinaison de résonance magnétique nucléaire et d`études cristallographiques (172), était en grande partie conforme à ces modèles. Deux modèles d`arrêt de fourche sont représentés sur la Fig.